Am Ort der heutigen Stadt Weißenburg befand sich zunächst nur das um die Mitte des 7. Jhdt. gegründete Kloster Weißenburg, das ab dem 8. Jhdt. ein Benediktinerkloster war. Aus der Zeit Karls des Großen, in einer Zeit eines einigen Reichs inmitten Europas, stammt die Kapelle, die im Jahr 803 an der Stelle der heutigen Wallfahrtskapelle errichtet wurde. Gut 250 Jahre später wurde die Propstei St. German von der Abtei Weißenburg gegründet - zunächst zur Bewirtschaftung des klostereigenen Landes, später auch zur Sicherung des Klosters nach Westen - gemeinsam mit drei anderen Propsteien im Norden, Süden und Osten, die mit der Zeit immer mehr befestigt wurden. Im Weißenburger Krieg - auch als Weißenburger Stiftsfehde bekannt - den Kurfürst Friedrich I. der Siegreiche gegen die Abtei und Stadt Weißenburg führte, wurden zwischen 1469 und 1471 einige dieser Propsteien stark beschädigt.

Die Kapelle wurde Ende des 15. Jhdt. durch den Raubritter Johann von Drodt, Herr der Burg Berwartsein, zerstört. Während des Pfälzischen Erbfolgekrieges ließ Ludwig XIV sämtliche Städte, Burgen und Schlösser am Rhein und in der Pfalz zerstören. In Folge des Friedens von Rijswijk 1697 wurden die nördlich angrenzenden Gebiete dem französischen Königreich einverleibt. Eine neue Kapelle wurde 1725 auf Geheiß des polnischen Königs Stanislas Leszcynski errichtet, der in Weißenburg im Exil lebte. Während der französischen Revolution wurde die Kapelle zu einer Scheune für Heu umgewandelt. Um 1803 ließ Pfarrer Oberlé von Weißenburg die Kapelle restaurieren. Nach der Niederlage Napoleons wurde St. Germanshof mit dem gesamten Kanton Dahn der bayerischen Pfalz zugeordnet. Im Jahre 1856 erhielt der Ort Weiler eine eigene Kirchengemeinde und die Kapelle wurde zur Gemeindekirche.

Der Deutsch-Französische Krieg von 1870/71 betraf zwar nicht direkt den St. Germanshof, aber das benachbarte Weißenburg. Die Verluste der Schlachten waren gewaltig. Bei der Schlacht von Weißenburg am 3.8.1870 kamen 1.000 deutsche und 700 französische Soldaten ums Leben. Die noch verlustreichere Schlacht bei Woerth vom 6.8.1870 endete mit 25.000 Toten und Verwundeten. Mit dem Frieden von Frankfurt 1871 wurden das Elsass mit Weißenburg und Lothringen dem neu gegründeten Deutschen Kaiserreich angegliedert. 1918 wurde das Gebiet wieder französisch.

In der Zeit um den Ersten Weltkrieg wurde am St. Germanshof ein Sägewerk eingerichtet. Seit 1911 ist dort ein Gaststättenbetrieb bekannt. Im Jahre 1915 kam es zur Einrichtung eines Kriegsgefangenenlagers mit Lazarett bei Weiler unweit der Kapelle. Hierhin kamen jene Gefangenen, die zu schwach waren, um in den Gruben der Saar zu arbeiten. Sie wurden für die Arbeit auf den Feldern und in den Weinbergen eingesetzt. 165 von ihnen überlebten diese Zeit nicht und ihre Namen finden sich heute auf den Kreuzen und Stelen des nationalen Friedhofes wieder. St. Germanshof befand sich zu Beginn des Zweiten Weltkriegs, zwischen der Siegfried-Linie und der Ligne Maginot, sozusagen zwischen den „Fronten“. Von 1940 bis 1944/1945 waren die Stadt Weißenburg und das Elsass vom Deutschen Reich annektiert. Im März 1945 wurden die Stadt und das Umland im Rahmen der Operation Undertone von US-Truppen erobert.

Ab 1950 wurde der Wallfahrtsort von Weiler der Begegnungsort für die Versöhnungsbewegungen Pax Christi zwischen Franzosen und Deutschen. Von beiden Seiten der Grenze kamen zahlreiche Pilger, deutsche und elsässische Priester und Bischöfe um gemeinsam für Frieden zu beten. Am 6. August 1950 war St. Germanshof europaweit in den Schlagzeilen, als dort 300 europabegeisterte Demonstranten die französischen und deutschen Schlagbäume zerstörten und die europäische Flagge hissten. Am 11. Mai 1952 fand die erste große Pax Christi Wallfahrt statt, die 5.000 Pilger hierher führte.

Da war da noch ... der Mundatwald:
Die französische Besatzungsbehörde verleibte 1949 ein Gebiet im deutschen Teil des Oberen Mundatwalds dem französischen Staatsgebiet ein. Ziel war die Sicherstellung der Wasserversorgung für Weißenburg. Rechtlich abgesichert wurde dies durch die Verordnung Nr. 212 über Grenzberichtigungen vom 23. April 1949, welche von deutscher Seite nie offiziell unterzeichnet wurde. Nach deutscher Grenzversion wäre St. Germanshof somit in Deutschland geblieben. Trotz diesen Irrtums übernahm Frankreich wenig später "vorübergehend" die Gebietshoheit. D-Mark wurden in Francs umgetauscht, Steuerzettel kamen gleichzeitig auf deutsch und auf französisch. Nach verschiedenen Verhandlungen über den Status des Gebiets und dem Abschluss mehrerer Einzelverträge, um u.a. den Deutschen den zollfreien Holztransport durch das französische Gebiet zu ermöglichen, wurde 1984 die endgültige Einigung erzielt. Frankreich erklärte sich mit der Aufhebung der Verordnung einverstanden. Im Gegenzug verpflichtete sich Deutschland, die Französische Republik als Grundbesitzerin über das fraglichen Gebiet ins Grundbuch einzutragen. Frankreich erhielt zudem die unbefristeten Holz-, Jagd- und Wasserrechte für das Gebiet. Seit 1986 ist der Obere Mundatwald wieder uneingeschränkt deutsches Hoheitsgebiet.

Gemäß des bereits 1985 geschlossenen „Schengen I“- Abkommens entfielen schließlich die Grenzkontrollen zwischen Deutschland und Frankreich am 26.3.1995, so auch am St. Germanshof. Das ehemalige deutsche Zollhaus ist heute - nach mehreren anderen privaten Eigentümern - im Besitz eines Teilnehmers des Studentensturms von 1950.

Auf Initiative von Dr. Herbert Breiner und seiner Mitstreiter wurde am St. Germanshof ein aus zwölf Sandstein-Stelen bestehendes Europa-Denkmal errichtet, das am 9. September 2007 in Anwesenheit von H. Regionalratspräsident Adrien Zeller eingeweiht wurde. Am 11.11.2010 - dem Jahrestag des Endes des 1. Weltkriegs - wurde der restaurierte nationale Friedhof eingeweiht und zur Nationalen Nekropole erhoben. Seit 2013 hat das Ensemble des Chawwrusch-Theaters mehrmals das Stück „Eine Nacht im August“ aufgeführt, das viel Zuspruch erfuhr. Es behandelt die Ereignisse des 6. August 1950.

In Zeiten, in denen die europäischen Integration zunehmend Unterschiede in der Haltung vieler EU-Staaten hat deutlich werden lassen – die einen wollen mehr Integration, die anderen sehen Überregulierung, Bürokratie etc. sketpisch – ist ein Dialog der Bürger und der Jugend immer wichtiger. Viele halten das Projekt „Europa“ für zu wichtig, um es der Politik alleine zu überlassen. Dabei wird der St. Germanshof immer öfter als Symbol für ein Europa der Bürger und ist Ziel von Demonstranten, Wanderungen, Veranstaltungen. Nicht umsonst heißt der Platz des Europa-Denkmals „Place de la Marche vers l’Europe“. Der St. Germanshof wird zur Europäischen Begegnungsstätte.